ApplicationオブジェクトのVisibleプロパティを使用します。
下の例ではまずエクセルウインドウを非表示とします。
次にポップアップを表示させ、このＯＫボタンを押せば、エクセルウインドウの表示を戻します。
このようにエクセルウインドウが非表示となってもフォームやポップアップなどを表示させることができます。
Private Sub Sample()
Application.Visible = False
MsgBox "表示を戻します"
Application.Visible = True
End Sub